Il est possible de retirer les ombres des icones du bureau simplement en supprimant les 2 fichiers suivants :

Afin de pouvoir restaurer les ombres, je vous conseille de simplement modifier l'extension de ces fichiers en png.old, c'est assez simple, ouvrez un terminal et saisissez les commandes suivantes :

$ sudo gainroot
$ cd /usr/share/themes/NOM_DU_THEME/images/
$ mv ApplicationShortcutAppletPressed.png ApplicationShortcutAppletPressed.png.old
$ mv ApplicationShortcutApplet.png ApplicationShortcutApplet.png.old

Pour que le changement soit pris en compte, redémarrez la machine.

Voici le résultat, avant, après :

Bon, et pour ceux qui oseraient se demander comment on revient comme avant, on fait l'inverse : on renomme les .png.old en png.